※1月3日全国人大常委会委员长吴邦国一行参观辰山植物园。

　　※1月荣获“上海市五星级公园”荣誉称号。

　　※2月市绿化市容局局长马云安向辰山图书馆捐赠了15箱图书，涵盖植物学、建筑工程、文艺类等6大类共计600卷册。

　　※3月荣获市绿化市容行业“工人先锋号”称号。

　　※3月辰山科研人员在海南发现疑似“灭绝”蕨类植物海南金星蕨。

　　※3月29日至4月22日成功举办“新民晚报首届上海国际兰展”。期间前市政协主席冯国勤、著名运动员姚明、范志毅等明星参加“兰之夜”活动，并成功召开首届“上海辰山国际兰花研讨会”。。

　　※4月8日中科院上海分院院长、辰山植物园理事长江绵恒带领上海科技大学（筹）科研人员来园植树。

　　※4月14日至4月17日成功承办“中国球根花卉2013年会”。

　　※5月16日至5月17日召开第二届上海辰山国际植物园研讨会。

　　※5月17日召开第二届学术委员会会议。

　　※5月18日成功举办第二届国际植物日大型科普。

　　※5月19日“辰山草地广播音乐会”在绿色剧场再度奏响。

　　※5月20日 英国自然历史博物馆Harald Schneider研究员到访辰山作学术交流报告。

　　※6月获得首批“上海影视拍摄取景地”荣誉称号。

　　※6月15日成功举办科普大讲坛活动。

　　※6月17日国际植物分类学会秘书长Prof.Karol Marhold首度到访辰山作学术交流报告。

　　※6月26日辰山植物园被提升为上海市专题性科普场馆。

　　※7月26日至7月27日成功承办第227期东方科技论坛“城市生态修复中的园艺技术”。

　　※8月8日启动中非合作项目，开展非洲兰花资源调查与引种，实施非洲特有植物展示区建设。

　　※8月15日至12月开展以“为民务实清廉”为主要内容的党的群众路线教育实践活动。

　　※8月16日获得四项国家自然科学基金资助。

　　※8月22日美国国家自然历史博物馆文军研究员到访辰山作学术交流报告。

　　※8月28日至9月2日承办市科协“植物学与艺术展”，荣获“科学与艺术应用成果奖”。

　　※9月由马金双研究员主编的《中国入侵植物名录》（The Checklist of the Chinese Invasive Plants）正式出版。

　　※9月9日泰国自然资源和环境部、泰国植物园协会和Queen Sirikit植物园组成的代表团到访辰山开展 交流访问。

　　※9月14日英国皇家园艺学会（RHS）代表团到访辰山开展交流访问。

　　※9月14日至17日成功承办“第三届全国生物多样性信息学研讨会”。

　　※9月25日美国月季协会代表团到访辰山开展交流访问。

　　※9月27日市绿化市容局与松江区政府签订“关于建设上海辰山植物园，促进松江生态旅游发展合作备忘录”。

　　※10月1日至7日举办首届辰山亲子音乐周。

　　※10月17日成功承办“2013年中国蕨类植物研讨会” 。

　　※10月17日上海辰山植物园（中科院辰山植物科研中心）与安徽省铜陵市人民政府签订油用牡丹开发战略合作协议。

　　※10月25日新加坡滨海花园园长到访辰山交流访问。

　　※10月29日举办总园艺师招聘面试会，加拿大蒙特利尔植物园前任园长Gilles Vincent应聘，并作学术交流报告。

　　※11月1日前国防部长梁光烈一行参观辰山植物园。

　　※11月由严岳鸿副研究员等编著的《中国蕨类植物多样性与地理分布》正式出版。

　　※11月16日上海辰山植物园（中科院辰山植物科研中心）与国际自然保护联盟物种委员会兰花专家组亚洲区委员会签订合作备忘录。

　　※11月18日举办首届“辰山杯”迎新运动嘉年华。

　　※11月22日至24日成功举办首届荷花育种及国际登陆研讨会。

　　※11月29日国际学术期刊《Phytotaxa》和《Zootaxa》创立者与执行主编张智强教授到访辰山作学术交流报告。

　　※12月由马金双研究员主编的《上海维管植物名录》（The Checklist of Shanghai Vascular Plants）正式出版。

　　※12月24日上海辰山植物园油用牡丹试验基地在安徽省铜陵县西联乡加兴村揭牌。